Theo UBND TP, dự án nhằm xây dựng thể chế quản lý tổng hợp rủi ro ngập lụt TP, bao gồm công tác dự báo thủy văn, quản lý điều hành và vận hành hệ thống phòng chống ngập, thoát nước được xây dựng hoàn thiện, khép kín; hệ thống thông tin cảnh báo sớm ngập lụt được tăng cường năng lực và hiện đại hóa; tham gia vận hành liên hồ chứa, hồ điều tiết... Nâng cao năng lực quản lý, điều hành chống ngập của Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước TP và các tổ chức có liên quan.
Cụ thể, xây dựng hệ thống cảnh báo ngập sớm (hiện đại hóa và xây dựng các trạm khí tượng thủy văn, mô hình dự báo, hệ thống cơ sở dữ liệu và truyền tin cảnh báo ...) cho khu vực dân sinh hạ lưu lưu vực sông Sài Gòn - Đồng Nai. Xây dựng và nâng cao thể chế cho cơ quan quản lý để ra quyết định về vận hành, duy tu bảo dưỡng hệ thống phòng, chống ngập và thoát nước TP. Nâng cao năng lực quản lý môi trường, giảm thiểu ô nhiễm nguồn nước.
