UBND TP chịu trách nhiệm thực hiện thủ tục hoàn trả tạm ứng ngay sau khi được Bộ KH-ĐT bố trí kế hoạch vốn cho dự án. Trong trường hợp ngân sách Trung ương không thể tạm ứng cho dự án, kiến nghị Thủ tướng xem xét, chấp thuận cho UBND TP được thực hiện tạm ứng từ ngân sách thành phố với số tiền 2.158,5 tỷ đồng.
Theo UBND TP, dự án xây dựng tuyến Metro Bến Thành - Suối Tiên được thực hiện từ nguồn vốn ODA do ngân sách Trung ương bố trí và nguồn vốn đối ứng từ ngân sách TP. Theo kế hoạch vốn trung hạn 2016 - 2020, dự án được bố trí 7.500 tỷ đồng so với nhu cầu đăng ký là 20.500 tỷ đồng, số còn lại đã được bố trí trong năm 2016 và 2017 là 2.709 tỷ đồng.
Riêng năm 2018 và 2019, do vướng mắc trong việc điều chỉnh tổng mức đầu tư nên số vốn còn lại trong kế hoạch vốn trung hạn đã không được bố trí (4.791 tỷ đồng). Nguồn vốn đối ứng trong năm 2018 và 2019 cho dự án đã được UBND TP bố trí kế hoạch vốn đầy đủ theo đề nghị của Chủ đầu tư (Ban Quản lý Đường sắt đô thị).
Ngày 31-12-2018, Bộ Kế hoạch - Đầu tư ban hành Quyết định số 2118/QĐ-BKHĐT về việc giao chi tiết kế hoạch đầu tư vốn ngân sách nhà nước năm 2019, trong đó dự án vẫn không được bố trí vốn.
Trong bối cảnh khó khăn nêu trên, để đảm bảo tiến độ thanh toán cho các nhà thầu theo hợp đồng đã ký kết, Chủ đầu tư đề nghị UBND TP xem xét việc tạm ứng từ ngân sách TP với số tiền tạm ứng đợt 1 năm 2019 là 2.158,5 tỷ đồng.