Được miễn thuế sao lại truy thu thuế hơn 3 tỷ đồng?

(ĐTTCO) – Một doanh nghiệp (DN) thuộc địa bàn kinh tế - xã hội khó khăn (TP Sóc Trăng, tỉnh Sóc Trăng), mua hàng hóa tại Cà Mau và bán tại TPHCM, vừa bất ngờ bị cơ quan thuế truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 3 tỷ đồng.
Cục Thuế tỉnh Sóc Trăng, đơn vị ban hành Công văn 818 cho rằng Công ty Khánh Vy không được hưởng ưu đãi thuế TNDN.
Cục Thuế tỉnh Sóc Trăng, đơn vị ban hành Công văn 818 cho rằng Công ty Khánh Vy không được hưởng ưu đãi thuế TNDN.
Theo đơn phản ánh, Công ty TNHH TMDV Khánh Vy (Công ty Khánh Vy), có trụ sở tại khóm 3, phường 2, TP Sóc Trăng, tỉnh Sóc Trăng. Công ty do bà Nguyễn Thị Bux làm Giám đốc, thành lập từ tháng 7-2019, vốn điều lệ 3 tỷ đồng, ngành nghề kinh doanh mua bán phụ gia thực phẩm. 
Ngành thuế truy thu
Công ty Khánh Vy thuộc DN thành lập mới từ dự án đầu tư vào địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn là TP Sóc Trăng (theo Nghị định 218/2013/NĐ-CP ngày 22-12-2013). Công ty thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo kê khai tại Chi cục Thuế khu vực TP Sóc Trăng. 
Căn cứ Khoản 3, Điều 20, Thông tư 78/TT-BTC (ngày 18-6-2014) của Bộ Tài chính quy định ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế, Công ty Khánh Vy xác định thuộc diên ưu đãi thuế TNDN, trong đó miễn thuế 2 năm (áp dụng từ năm 2019); giảm 50% số thuế phải nộp 4 năm (kể từ năm 2021).
Tuy nhiên, ngày 20-10-2020, Cục Thuế tỉnh Sóc Trăng bất ngờ có Công văn 818, do Cục trưởng Phạm Chí Đô ký, cho rằng: “Công ty Khánh Vy là đơn vị hoạt động thương mại, chỉ có thu nhập phát sinh ngoài địa bàn ưu đãi (mua hàng hóa ở Cà Mau và bán ở TPHCM). Công ty Khánh Vy không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN theo trường hợp DN thành lập mới từ dự án đầu tư hoặc dự án đầu tư mới tại địa bàn thuộc danh mục có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn”. 
Cụ thể, Cục Thuế tỉnh Sóc Trăng cho rằng, tại Điểm đ, Khoản 17, Điều 1, Nghị định 12/2015/NĐ-CP (ngày 12-2-2015) quy định: “Thu nhập của DN từ dự án đầu tư trong lĩnh vực kinh doanh thương mại, dịch vụ phát sinh ngoài khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu công nghiệp và địa bàn ưu đãi thuế không áp dụng ưu đãi thuế TNDN quy định tại Khoản 1, Khoản 4, Điều 4 và Điều 15, Điều 16 Nghị định này”.
Đến tháng 11-2020, Chi cục Thuế khu vực TP Sóc Trăng tiến hành kiểm tra thuế tại Công ty Khánh Vy. Theo biên bản kiểm tra (biên bản không có ngày tháng năm) xác định, Công ty Khánh Vy mua hàng hóa của Công ty TNHH Sản xuất TMDV H.T. (có địa chỉ tại phường 2, TP Cà Mau, tỉnh Cà Mau), sau đó bán hàng hóa cho Công ty TNHH TMDV N.P. (có địa chỉ tại quận Bình Tân, TPHCM).
Căn cứ vào Công văn 818, Chi cục Thuế khu vực TP Sóc Trăng cho rằng Công ty Khánh Vy không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN. Đồng thời, ban hành Quyết định 2368/QĐ-CCT (ngày 30-12-2020) truy thu thế và chậm nộp với tổng số tiền hơn 3,23 tỷ đồng.
Doanh nghiệp kêu cứu
Luật sư Phan Đăng Hữu, Công ty luật An Khang (Đoàn luật sư TP Cần Thơ) cho biết: Khoản 1, Điều 18, Thông tư 78/2014/TT-BTC (ngày 18-6-2014) đã xác định điều kiện áp dụng ưu đãi thuế TNDN là: “Các ưu đãi về thuế TNDN chỉ áp dụng đối với DN thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế TNDN kê khai”. Căn cứ vào quy định nêu trên Công ty Khánh Vy hoàn toàn đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN. Vì DN đăng ký tại địa bàn TP Sóc Trăng, kê khai, nộp thuế tại Chi cục Thuế khu vực TP Sóc Trăng, mọi trình tự, thủ tục để xác định doanh thu, thu nhập đều phải xuất phát từ trụ sở của DN tại Sóc Trăng. 
Công ty Khánh Vy không có chi nhánh ở Cà Mau hay ở TPHCM, việc DN này mua hàng ở Cà Mau và bán ở TPHCM là hoạt động kinh doanh của DN mà pháp luật không cấm. Công ty Khánh Vy vẫn phải xuất hóa đơn, chứng từ và báo cáo thu nhập từ hoạt động này với cơ quan thuế tại Sóc Trăng chứ không phải với cơ quan thuế Cà Mau hay TPHCM. Do đó, không thể cho rằng thu nhập của Khánh Vy có được từ hoạt động mua bán trên phát sinh ngoài địa bàn ưu đãi.
Tại Khoản 4, Điều 18, Thông tư 78/TT-BTC quy định: “DN có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện ưu đãi về địa bàn (bao gồm cả khu công nghiệp, khu kinh tế, khu công nghệ cao) thì thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN là toàn bộ thu nhập phát sinh từ hoạt động sản xuất kinh doanh trên địa bàn ưu đãi trừ các khoản thu nhập nêu tại Điểm a, b, c Khoản 3 Điều này”.
Vì vậy, việc Cục Thuế tỉnh Sóc Trăng cho rằng Công ty Khánh Vy không được ưu đãi thuế TNDN do có thu nhập ngoài địa bàn ưu đãi (mua hàng hóa ở Cà Mau và bán ở TPHCM) là không phù hợp với các quy định về thuế. Từ đó, gây bất lợi cho DN và đi ngược lại với chính sách ưu đãi về thuế của Chính phủ tại những địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn.
Bà Nguyễn Thị Bux, Giám đốc Công ty Khánh Vy, cho biết: “Chúng tôi bất ngờ về Công văn 818 của Cục Thuế tỉnh Sóc Trăng và quyết định truy thu thuế TNDN của Chi cục Thuế khu vực TP Sóc Trăng đối với Công ty Khánh Vy. DN chúng tôi mua hàng ở Cà Mau rồi nhập kho về Sóc Trăng, sau đó xuất bán cho DN tại TPHCM. Rõ ràng thu nhập từ hoạt động thương mại này hoàn toàn phát sinh trên địa bàn ưu đãi là TP Sóc Trăng, nên công ty chúng tôi phải được hưởng thuế TNDN theo quy định”.
Tại Mục 8, Công văn 3720/TCT-CS (ngày 1-10-2018) của Tổng cục Thuế trao đổi về chính sách thuế cũng nêu rõ: “Việc áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động thương mại được xem xét trên cơ sở thực tế đáp ứng các điều kiện ưu đãi của dự án đầu tư, không xét đến việc người mua hàng hóa có thuộc địa bàn hay lĩnh vực ưu đãi hay không”. Như vậy, chứng minh hoạt động thương mại của Công ty Khánh Vy hoàn toàn đáp ứng đủ điều kiện hưởng ưu đãi thuế TNDN theo địa bàn ưu đãi.
“Ngay khi sự việc xảy ra, DN đã có văn bản cầu cứu khẩn cấp gửi đến Tỉnh ủy Sóc Trăng để kịp thời xem xét bảo vệ quyền lợi hợp pháp của DN” - bà Nguyễn Thị Bux cho biết thêm.

Các tin khác