Hiện nay, cơ cấu kinh tế nông nghiệp tiếp tục chuyển dịch theo hướng nông nghiệp đô thị, nông nghiệp công nghệ cao, công nghệ sinh học; giảm diện tích trồng lúa, mía, muối hiệu quả thấp sang các loại cây trồng, vật nuôi có giá trị kinh tế cao, phù hợp với điều kiện của TPHCM như hoa lan, cây kiểng, cá cảnh, lươn, bò thịt lai, chim yến… Về chuyển dịch cơ cấu: trồng trọt chiếm tỷ trọng 20,8%, chăn nuôi 44,6%, thủy sản 27,4%.

Cũng trong năm 2020, cá cảnh xuất khẩu đạt 16,41 triệu con, giảm 23,7% so cùng kỳ; kim ngạch xuất khẩu 17,26 triệu USD, tăng 25,7% so cùng kỳ. Thị trường xuất khẩu chủ yếu là châu Âu, chiếm 54,09%; châu Á, chiếm 29,18%; châu Mỹ, chiếm 14,34%.

Trong giai đoạn 2021-2025, ngành nông nghiệp tập trung chuyển đổi mạnh đất trồng lúa, mía hiệu quả thấp sang phát triển 6 loại cây trồng, vật nuôi chủ lực của ngành nông nghiệp TPHCM gồm rau, hoa cây kiểng, bò sữa, heo, tôm nước lợ, theo hướng sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, nông nghiệp sạch, nông nghiệp đô thị. Phấn đấu, năm 2021, tốc độ tăng GRDP và giá trị sản xuất: 2,5 – 3%%/năm; giá trị sản xuất bình quân 630 – 650 triệu đồng/ha.